以第一季过去四年之后的世界为故事背景。成长了的刹那·F·清英驾驶着EXIA的后续机GUNDAM 00再次降临到世界的舞台。围绕着新生的Celestial Being以及刹那等Gundam Meister的全新的战争将会继续进行，第二季的制作阵容为监督水岛精二，脚本黑田洋介等第一季的staff再次集结，共同描画刹那等人的又一次活跃。