故事发生于“龙珠”后五年的世界，讲述悟空和同伴保卫地球的故事。

 

　　赛亚人篇

 

　　悟空的哥哥拉帝兹来到地球，透露了悟空原是战斗民族赛亚人的身份。悟空和比克联手对抗，然而因为双方战斗力的差距而落于苦战。孙悟空的儿子孙悟饭在关键时刻爆发强大战斗力重创拉帝兹。悟空最终决定以同归于尽的方式，在拉帝兹露出破绽的一瞬间从他身后架住，让比克使出其必杀技“魔贯光杀炮”贯穿双方身体下来击败对手。但拉帝兹死前透露了他的两位更强的赛亚人同伴已透过探测器得知他已遇害，将于一年后入侵地球。

 

　　死后的悟空经由神的引荐，得以经过蛇道到界王那里修练。另一方面，其他包括比克以及悟空儿子悟饭等战士，各自修行（悟饭在比克的指导下修行），以应付一年后更强的赛亚人的来袭。

 

　　一年后，赛亚人贝吉塔和那巴来袭，乐平、饺子、天津饭和比克先后战死。孙悟空从界王处赶回，打败了那巴，已失去战斗力的那巴被贝吉塔杀死。最后悟空、克林、悟饭协力打败了贝吉塔，但克林欲杀死贝吉塔时却被悟空阻止。

 

　　娜美克星篇

 

　　由于赛亚人来袭，比克等人战死，龙珠也随着消失，为了让死去的战友复活，克林、悟饭和布尔玛出发前往娜美克星寻找龙珠。贝吉塔为了得到永生，也去了娜美克星球。

 

　　另一方面自称宇宙的统治者弗利萨也为了龙珠前往娜美克星，大战因此而起。在地球疗伤的悟空康复后，火速赶到娜美克星支援，轻易打败弗利萨的部下精英军团，后来与三次变身后力量大增的弗利萨战斗，起初悟空无论用20倍界王拳及元气弹都无法击败弗利萨，弗利萨后来袭击比克和杀掉克林，盛怒的悟空变身成传说中的超级赛亚人，打败弗利萨，但娜美克星难逃被炸毁的命运。孙悟空生死不明。