以决斗守护新童实野市的不动游星被为了毁灭世界而从未来世界来的神秘男子·帕拉多克斯夺走作为自己王牌怪兽的星尘龙。 　　
游星进行时间旅行，来到能使用卡片精灵力量的游城十代那里。游星在此得知事件的真相。那真相究竟是…
追赶帕拉多克斯，来到传说的决斗者·武藤游戏的时代的游星与十代跟游戏相遇，发誓合力一战。为了拯救世界，也为了取回游星的星尘龙，游戏十代游星和帕拉多克斯展开壮烈的决斗！